O Herbário INPA foi a primeira coleção a ser criada, juntamente com o Instituto em julho de 1954. Atualmente conta com mais de 217.000 registros, dentre eles cerca de 1.300 typus nomenclaturais, uma coleção de mais de 25.000 fototipos além das coleções associadas: Carpoteca, com cerca de 2.500 frutos e Xiloteca, representada por 10.445 amostras de madeira. Pertence à categoria de Herbário Regional e, como tal, cerca de 90% de seu acervo é composto por representantes da flora Amazônica Brasileira e de outros países da bacia Amazônica, representando a maior coleção de plantas da Amazônia e o quinto maior herbário brasileiro. Os dados do Herbário INPA foram informatizados através do Programa BRAHMS (Botanical Research And Herbarium Management System), desenvolvido pelo Dr. Denis Filer, da Universidade de Oxford, Inglaterra.

Anfíbios e Répteis

A Coleção de Anfíbios e Répteis do INPA (INPA-H) abriga material testemunho proveniente de coletas e estudos faunísticos realizados em diversas áreas da Amazônia. Atualmente , mantém um acervo com mais de 35.000 espécimes de anfíbios e répteis, a grande maioria de espécimes conservados em via úmida, mas abriga também material em via seca como carapaça de quelônios e peles de jacarés. Além disso, a INPA-H abriga 273 espécimes-tipo, incluindo holótipos e parátipos de ao menos 14 espécies de anfíbios e 4 de répteis.

Aves

A Coleção de Aves começou informalmente em 1980 com coletas locais e pontuais feitas por pesquisadores do INPA. Nas primeiras duas décadas, só se mantinha uma coleção de referência, e a maior parte do material coletado eventualmente era depositada no Museu Paraense Emílio Goeldi, em Belém. Com a chegada do atual curador em 2001, a coleção contava com 198 peles. Iniciou-se, então, um programa ativo de coleta de aves em toda a Amazônia brasileira. Atualmente, são mais que 4000 exemplares tombados de 654 espécies no acervo de peles. A coleção mantém também acervos de conteúdos estomacais e de tecidos (mais de 17 mil amostras), além de gravações das vocalizações da maioria das espécies de aves amazônicas.

Invertebrados

Apesar de as primeiras coletas destinadas ao acervo da Coleção de Invertebrados do Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA) terem sido iniciadas por volta de 1940 pelo então diretor do Instituto Max-Planck de Limnologia, Dr. Harald Sioli (Adis et al. 1985), apenas em outubro de 1976 a Coleção Entomológica foi formalmente criada (Ratcliffe & Penny 1978). Atualmente, abrangendo vários outros grupos de invertebrados, a Coleção é uma importante fonte de informações sobre a biodiversidade da Amazônia. Ela reúne espécimes de nove grandes filos de invertebrados: Acanthocephala, Annelida, Arthropoda (Trilobitomorphaᵻ, Chelicerata, Myriapoda, Hexapoda e Crustacea), Mollusca, Nematoda, Onychophora, Plathyhelminthes, Porifera e Rotifera. O acervo total é estimado em mais de 1 milhão de insetos alfinetados, aproximadamente a mesma quantia de insetos em mantas e cerca de cinco milhões de espécimes preservados em álcool e lâminas, entre grupos de insetos e não-insetos. O incremento anual é de pelo menos 40.000 espécimes. O catálogo de espécimes-tipo da coleção de invertebrados possui mais de mil espécies. O maior desses catálogos é o da coleção de Insecta, com um total de 3.712 registros em números de novembro de 2006. Nesta data, o acervo de tipos de insetos reunia 810 espécies abrangendo 589 tipos primários e 3.476 tipos secundários.

Mamíferos

A Coleção de Mamíferos do INPA está entre as quatro maiores e mais representativas coleções no país de mamíferos amazônicos. Possui cerca de 7.000 exemplares catalogados com representantes das ordens Artiodactyla, Carnivora, Cetacea, Chiroptera, Cingulata, Didelphimorphia, Perissodactyla, Pilosa, Primates, Rodentia e Sirenia. Os pequenos mamíferos pertencentes às ordens Chiroptera, Didelphimorphia e Rodentia representam cerca de 90% de todo o acervo. O  acervo de espécimes-tipo é formado por 10 holótipos e 37 parátipos das ordens Rodentia e Primates, além de exemplares raros em museus nacionais e estrangeiros das ordens Didelphimorphia e Chiroptera.  Os exemplares são preservados predominantemente como peles, crânios e esqueletos ou fixados e mantidos em via úmida.  Possui também a maior coleção mundial de mamíferos aquáticos amazônicos ex-situ das ordens Cetacea e Sirenia, com mais de 400 esqueletos e crânios preparados e respectivos registros mantidos em sua própria base de dados. A Coleção de Mamíferos do INPA mantém também um acervo de tecidos com mais de 9.000 amostras. Existem também acervos acessórios diversos, formados por fichas de campo referentes às coletas de exemplares tombados, fotografias, acervos de fetos e embriões, báculos, conteúdo estomacal, entre outros.

A coleção foi formada no final da década de 1980, por sua desde então curadora Dra. Maria Nazareth Ferreira da Silva e vice-curadora a Dra. Vera Maria Ferreira da Silva. Atualmente conta também com uma assistente de curadoria, MSc Ingrid Torres de Macedo, e os biólogos Ronnezza C. L. Campos Pedrett, técnica, e Adriano Carlos da Silva Antunes, técnico taxidermista.

Os principais usuários da Coleção de Mamíferos do INPA são pesquisadores e estudantes de graduação e pós-graduação do INPA e universidades locais como UFAM e UEA, e também de outras regiões do país.  Além dos acervos principais voltados para pesquisa, a Coleção apoia com um acervo didático escolas de ensino fundamental e médio em exposições e feiras de ciências locais, assim como organizações não governamentais e governamentais. A Coleção de Mamíferos realiza atendimento presencial, permutas e doações, sempre em conformidade com a legislação vigente e com as normas institucionais.

Peixes

Coleção de Peixes [curadores: Drs. Lúcia Rapp Py-Daniel e Efrem J. G. Ferreira]: Com 31 anos de existência, a coleção ictiológica possui uma imensa representatividade da fauna de peixes da Amazônia, com 1.600 espécies provenientes de mais de 80 drenagens da região. O acervo de tipos tem, atualmente, mais de 1.000 lotes catalogados, incluindo holótipos,  parátipos e um neótipo. O acervo da Coleção de Peixes cresceu devido ao grande número de projetos de inventários, teses e dissertações sobre a ictiofauna da região.  Com representação predominantemente da bacia amazônica, a Coleção de Peixes ainda mantém material dos rios das Guianas, bacia do Tocantins-Araguaia e de outros rios do norte do Brasil. Também há representantes da fauna de peixes da bacia do Paraná-Paraguai, e de outros sistemas fluviais das regiões Sul e Nordeste, assim como exemplares de outros continentes (drenagens norte-americanas e africanas), para fins de estudos de biologia comparativa e de história biogeográfica.

Recursos Genéticos